擅自加层违反了《中华人民共和国城乡规划法》。
法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条
未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方城乡规划主管部门责令停止建设；
尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
第六十五条
在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
一、农村建房中房屋擅自加层如何处罚
未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方城乡规划主管部门责令停止建设；
尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
二、农村建房中临时建筑超期限了怎么办
建设单位或者个人有下列行为之一的，由所在地城市、县城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款：
（一）未经批准进行临时建设的；
（二）未按照批准内容进行临时建设的；
（三）临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除的。城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。