运超过准运证规定的数量托运或者自运烟草专卖品的，由烟草专卖行政主管部门处以罚款，可以按照国家规定的价格收购违法运输的烟草专卖品；情节严重的，没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。处以违法运输的烟草专卖品价值20%以上50%以下的罚款,可以按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度烟叶平均收购价格的70%收购违法运输的烟叶,以及按照市场批发价格的70%收购违法运输的除烟叶外的其他烟草专卖品。
非法运输烟草处罚标准是：
1、无准运证或者超过准运证规定的数量托运或者自运烟草专卖品的，伪装非法运输烟草专卖品的，没收非法运输烟草专卖品和违法所得；
2、违反国家规定，有销售进出口许可证、进出口原产地证明等法律、行规规定的营业执照或者批准文件，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；
3、情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
法律依据：
1.《中华人民共和国烟草专卖法》（2013年12月28日修正版）
第二十三条:邮寄、异地携带烟叶、烟草制品的，不得超过有关主管部门规定的限量。
第三十一条第三款:超过国家规定的限量异地携带烟叶、烟草制品，数量较大的，依照第一款的规定处理。第一款：无准运证或者超过准运证规定的数量托运或者自运烟草专卖品的，由烟草专卖行政主管部门处以罚款，可以按照国家规定的价格收购违法运输的烟草专卖品；情节严重的，没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。
2.《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》中华人民共和国令第223号（1997年7月3日）
第五十五条第四项:邮寄、异地携带烟叶、烟草制品超过有关部门规定的限量一倍以上的，依照本条第（一）项的规定处罚。