如果宅基地有纠纷，那么不能进行确权，要先把纠纷给解决了，才能进行确权。处置纠纷的方法一般有三种，第一种就是有纠纷的双方可以自己协商解决，第二种方法就是有来处置，第三种方法就是向起诉，通过司法途径来解决。在纠纷解决好了，就可以进行确权。,法律依据,《中华人民共和国城市房地产管理法》第七条 建设行政主管部门、土地管理部门依照规章的职权划分，各司其职，密切配合，管理全国房地产工作。县级以上地方房产管理、土地管理部门的机构设置及其职权由省、自治区、直辖市确定。
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