建筑工程纠纷双方约定管辖只要不违反程序法对级别管辖和专属管辖的规定，就是有效的。双方当事人可以对被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民，通过签订书面协议的方式予以选择。
一、如何处理技术合同纠纷
技术合同纠纷可以通过协商、调解、仲裁、民事诉讼等方式处理。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十三条规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民管辖。
第三十四条规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
二、加工承揽合同是否能约定由哪里的管辖
加工承揽合同可以约定管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地；
标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
三、当事人能不能在合同中约定纠纷由甲方所在地管辖
当事人能在合同中约定纠纷由甲方所在地管辖。合同纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
【本文关联的相关法律依据】
《民事诉讼法》第二十三条
因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民管辖。
第三十四条
合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。