非法营运罚款方法如下：
1、非法营运，由县级以上道路运输管理机构，责令停止经营；
2、有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；
3、没有违法所得，或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；
4、构成犯罪的，依法追究刑事责任。
非法营运的危害如下：
1、偷逃国家税费，损害国家利益；
2、造成不公平的市场竞争秩序。因其运营成本低廉，侵害了合法经营者的合法权益；
3、侵犯乘客的合法权益。“黑车”的安全性能得不到保障，在营运中一旦发生交通事故或服务纠纷，乘客投诉无门，其合法权益得不到保护；
4、影响行业稳定。非法营运现象扰乱了客运市场正常的经营秩序，抢夺市场份额，对合法经营者造成极大的冲击，合法从业人员对此反响极大，是行业不稳定的重大隐患。
综上所述，非法营运有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款。擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营。
【法律依据】：
《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条
违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。