夫妻分居两年的证据包括：一方在外居住的租赁合同、夫妻分居书面协议、书面分居文书、书信、电子邮件等，还可以辅佐以认识的朋友或亲戚的证言，但需要注意单独的证人证言难以被采信，需要其他证据的支持。
法律分析
一、分居两年怎么证明
1、分床不分房，难认定是分居
因为受到经济条件的，大多数的夫妻还只拥有一个住处，或者无力负担长期在外单独租房居住，因此夫妻感情不和后，同房不同床，各自分灶吃饭。在一方提起诉讼离婚时，如果另外一方不承认分居事实，外加夫妻同居是纯属私人事务，他人很难为此作证，因此一般不予采信。
2、夫妻异地居住，不一定是法律意义上的“分居”
有的夫妻因为就业、学习等的原因并不在一个地方生活，所以地理意义上的夫妻异地居住不一定是法律上说的分居，法律上的分居是以夫妻双方因为感情不和而不存在性生活的共同居住，互相不履行夫妻义务为标志。不过如果异地生活的夫妻相互间感情不和的，也可以构成法律意义上的分居，但是必须要有夫妻双方感情不和的书信等书证及其他证据来证明。
二、证明夫妻分居两年的证据有哪些
协议离婚是不需要证据的，只要双方都同意离婚就可以了。但是诉讼离婚一定要证据证明你们因感情不和分居两年的事实，才会判离。能证明夫妻分居的常见证据：
1、一方在外居住的房屋租赁合同;
2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认;
3、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间;
4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实;
5、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系及分居是夫妻“私事”，所以单独的证人证言难为采信，要辅佐以其他的证据。
结语
夫妻分居两年的证明并非易事。除了书面协议、租赁合同等常见证据外，还需注重邮寄凭证、书信、电子邮件等书证，以及可靠的人证。然而，由于证人可能存在利害关系，单独的证言难以被采信，因此需要辅佐其他证据。在诉讼离婚中，确保充分的证据支持将有助于判决离婚。
法律依据
中华人民共和国婚姻登记条例：第三章 离婚登记 第十四条 离婚的男女双方自愿恢复夫妻关系的，应当到婚姻登记机关办理复婚登记。复婚登记适用本条例结婚登记的规定。
中华人民共和国婚姻登记条例：第二章 结婚登记 第 男女双方补办结婚登记的，适用本条例结婚登记的规定。