智能马桶对水质有要求，普通马桶的水是回收再过滤的，水中会有沙子，铁锈细菌等物质。智能马桶属于低温加热，无法将水中的杂质和细菌去除掉，用这样的水来冲洗屁屁是不卫生的。
要想把水中的杂质、病菌去除掉，就要安装一套过滤系统 ，市面上很多智能马桶没有储水装置，因此对自来水水压的要求较高。
智能马桶启动的时候需要1.5公斤以上的水压，低于这个水压冲洗不干净。如果在高层住宅自来水水压不足，需要加一个过滤装置，再增加一个加压装置，还要在智能马桶旁边加装一个电源，如此繁琐的要求，直接导致很多人对安装智能马桶打起了退堂鼓。
智能马桶水质要求
由于水质问题，智能马桶的进水处会加一个滤芯用于过滤杂质。所以其实对水质没有要求，智能么通本身便会自行过滤
不过，因为女性用户的特殊情况，她们不仅会关注杂质问题，还会关注细菌问题，针对这一情况，部分厂商的解决办法是：紫外灯或电解水。